Temeljem Zakona o muzejima i Pravilnika o načinu i mjerilima za povezivanje u sustav muzeja Republike Hrvatske Hrvatski prirodoslovni muzej matična je ustanova za za prirodoslovlje u Republici Hrvatskoj.

Ravnateljica muzeja prof. dr. sc. Tatjana Vlahović, dipl. ing. geol. članica je Vijeća Sustava muzeja, a Dragan Bukovec, dipl. ing. geol., muzejski savjetnik matičar je Vijeća matičnosti.

Iz Pravilnika izdvajamo:
Nositelji provedbe matične djelatnosti prve razine za muzeje i muzeje na otvorenom su specijalizirani matični muzeji:
Za prirodoslovne muzeje - Hrvatski prirodoslovni muzej, Zagreb

Matična djelatnost obuhvaća osobito poslove:
* stručni nadzor nad radom muzeja,
* stručnu pomoć,
* unapređenje stručnog rada u muzejima,
* usklađivanje rada unutar Sustava muzeja.